הסתלקות הרב רבי ישראל בעל-שם-טוב היתה ביום הראשון של חג השבועות. בליל שבועות נתאספו אנשי סגולה להיות נעורים כל הלילה, כתיקון הרב רבי יצחק לוריא זכרונו לברכה. ואמר רבי ישראל לפניהם דברי תורה על עניין הסדר ועניין מתן תורה.

בבוקר שלח הרב לאנשי סגולתו, שיתאספו כולם, וציוה לשניים ממקורביו להתעסק בקבורתו ולימד אותם על גופו, על ‏כל איבר ואיבר הראה להם סימנים איך הנפש נפטרת מהם, כדי שיבינו על דבר החולים, והם גם היו מאנשי חברה קדישא. אחר זה ציוה שייכנסו עשרה אנשים להתפלל עמו, וציוה שיתנו לו סידור תפילה, ואמר: "אספר עוד מעט עם השם יתברך." לאחר התפילה הלך הרב רבי נחמן לבית המדרש להתפלל בעד רבי ישראל שיחיה. אמר הרב: "לחינם הוא מרעיש את העולם! אך אם היה יכול ליכנס בפתח זה, שהייתי רגיל ליכנס בו, היה פועל כתפילתו."

אחר כך באו אנשי העיר להקביל פניו ביום טוב ואמר לפניהם דברי תורה. אחר זה אמר: "גמלתי עמכם חסך, ועכשיו תגמלו עמי חסד." אחר זה נתן להם סימן ואמר: "כאשר איפטר, יעמדו שני מורי השעות שבחדרי מלכת!" והנה עמד מורה שעות אחד ופסק מהלכו, וסבבו אנשים אחדים את מורה השעות, למען לא יראה כי חדל להתנועע. אמר להם הרב: "ידעתי, כי כבר פסק מהלכו, ואין אני דואג לעצמי, כי יודע אני שאצא אך מפתח זה ותכף איכנס בפתח אחר."

ישב הרב על מיטתו וציוה שיעמדו האנשים סביב לו, והתחיל לומר להם דברי תורה על דבר העמוד שעולים בו מגן עדן התחתון לגן עדן העליון וכן מעולם לעולם. וציוה אותם לומר את המקרא 'ויהי נועם אדני אלהינו עלינו ומעשה ידינו כוננה עלינו ומעשה ידינו כוננהו' [תהלים צ, יז]. ושכב וישב כמה פעמים וכיוון כוננות, אבל לא שמעו עוד חיתוך האותיות. אחר זה ציוה לכסות אותו בסדין והתחיל להזדעזע ולחרוד, ואחר כך נח מעט. והביטו וראו, שעמד גם מורה השעות השני, וראו שנפטר.

אומרים, שאחד מהתלמידים שעמד על יד מיטת הרב ראה יציאת נשמתו כמו שלהבת מראה תכלת.

(ד, קעז-קעח). שבחי הבעש"ט, 110-109.