לסוף נדחה רבי יוסי-בר מפני הנצ"יב מן הישיבה, והטינה שהיתה בלבו על הנצ"יב גדלה עוד יותר. וכשנדפסו "השאילתות" של רב אחאי גאון עם פירושו המפורסם של הנצ"יב "עמק שאלה", פגע בו רבי יוסי-בּר בנצ"יב פגיעה קשה ואמר:

גרסינן במסכתא כתובות: "מבטלין תלמוד תורה להוצאת המת בשישים ריבוא, והני מילי למאן דקרי ותני, אבל למאן דמתני לית ליה שיעורא". פירש רשי"י: "וממילא שמעינן, דלמאן דלא קרי ולא תני אין מבטלין". אף הוסיף רש"י: "בשאילתות דרב אחאי מצאתי כן". [26] וקשה: הואיל וּברי לו לרש"י, שדבר זה מובן מאליו, למה הוצרך להוסיף, שכך מצא ב"שאילתות"? אלא רש"י חשש, שמא יתמה מי-שהוא וישאל: היכן בכלל מצינו אדם מישראל, שלא קרא ולא שנה? הקדים והוסיף: "בשאילתות דרב אחאי מצא כן"...